Die gesamte Geschichte von STAR TREK: Klingon Academy wird ausschließlich von klingonischer Seite aus betrachtet. Der Spieler ist Torlek, ein junger klingonischer Krieger, der nach seiner Ankunft an der Eliteschule der klingonischen Armee von General Chang direkt unterrichtet wird. Der Stundenplan sieht neben Schiffsführung auch Taktik, Strategie und den Ehrenkodex der Krieger vor.
STAR TREK: Klingon Academy enthält über 30 Missionen und zusätzlich einen Missionseditor mit dem der Spieler eine schier unendliche Anzahl an Missionen selbst erstellen kann. Die Basis für das Spielgeschehen ist ein angenommener Krieg der Klingonen gegen die Föderation der Planeten und nach dem Abschluß des harten Trainings ein noch viel aufreibenderer echter Einsatz an der Seite von General Chang. Kämpfe beinhalten nicht nur einzelne Schiffe sondern Flottenverbände großer Kriegsschiffe von 6 verschiedenen Rassen.
Über dreissig dieser Schiffe sind exklusiv nur in STAR TREK: Klingon Academy enthalten und neu im STAR TREK Universum. Die neuen Waffensysteme brauchen neue, spezielle Taktiten um in jeder Gefechtssituation richtig eingesetzt werden zu können. Neue Waffen sind unter anderem ein Antimateriefeldgenerator und der Traktorbeamresonator.
